L’ASP est l’autorité de certification et l’organisme de paiement du Fonds européen pour la pêche (FEP) et du Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (FEAMP) et de ses contreparties nationales, Etat et collectivités locales.
Elle gère ainsi les aides à la gestion de la flotte, à la conservation de la ressource halieutique et à l’économie des pêches et de l’aquaculture.
Le ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires a également confié à l’ASP :
La Direction des pêches maritimes et de l'aquaculture (DPMA) a confié à l’ASP une mission d’appui pour la mise en œuvre du FEAMP. Cette mission a pour objectifs :