Mayotte a choisi de rester  un territoire français après sa séparation avec les trois autres îles de l’archipel des Comores. Ce choix implique la juxtaposition du droit coutumier et du droit commun.
Après une période où  l’occupation foncière sur l’ensemble de son territoire était restée opaque, le 3 septembre 1996, le conseil général de Mayotte a pris une délibération pour régulariser, dans les terrains présumés lui appartenir, l’occupation coutumière c’est-à-dire sans titre et occupés d’une manière coutumière.

Le ministère de l’Emploi et le ministère de la Santé ont confié la gestion de la VAE sanitaire et sociale à l’ASP en 2006. A ce jour, 13 diplômes sont ouverts à la VAE, dont 9 dans le domaine social et 4 dans le domaine sanitaire.

La délégation régionale de l'agence met notamment en œuvre ses compétences en matière de diagnostic de territoire, d'enquêtes socio-économiques agricoles et d'animation.

Le logiciel presage est l’outil unique de suivi et de gestion des programmes européens (fonds structurels et FEP) et des Contrats de projets État - région (CPER). Il est également utilisé pour le suivi des Pôles d'excellence rurale (PER), et Budgets opérationnels de programmes LOLF (BOP) de plusieurs ministères. Il vient d’être choisi par le gouvernement pour suivre le Programme d’action territoriale pour la restructuration des armées (PATRA) et tout dernièrement pour le suivi du plan de relance de l’économie.

La délégation régionale ASP Rhône-Alpes a mis en place pour le compte de la région une ligne directe d'information et renseignements sur le dispositif d’aides à l’apprentissage, destinée aux employeurs et aux apprentis. La délégation a travaillé en étroite collaboration avec la région pour répondre au plus près de ses besoins.